马尼拉有马尼拉雅典耀大学、德拉刹大学、菲律宾大学、菲律宾师范学院、菲律宾女子大学、阿布阿拉木大学、东方大学、亚洲经济管理学院、圣托马斯大学。

其中马尼拉雅典耀大学，马尼拉雅典耀系统内有小学、初中、高中和大学教育。学术领域包括：艺术、人文、商学、法律、社会学、哲学、神学、医学、公共卫生、生物学、物理学、化学、数学、计算机科学、资讯科技、工程学、环境科学和政府学。