自闭症康复机构分为公办、民办和妈妈型工作坊性质三种。 公办康复机构依托当地残联，在政策福利、老师待遇和孩子康复费用补助方面存在较大的优势，但是缺点却是限于数量、场地和师资的限制，不可能招收太多自闭症等特需儿童，因此，孩子康复训练接受预约，有的甚至排队到一年两年之后。这就在无形中耽误了自闭症等特需孩子的最佳康复期。 民办康复机构中有实力强的，但是大部分也是实力中下等的，实力强的因为康复费用高，所以虽然没有享受到残联等相关部门的各种政策和补助，但是却能够用高费用支持机构运转和老师较高的薪资。和公办机构一样，也存在康复预约和排队很长时间才能进入的弊端。 而妈妈型和几个老师合伙型的工作坊的康复中心，目前只是通过收取孩子康复费用维持，但是又要交房屋租金，老师工资，购买器械，老师学习等等，所以常常会陷入两难窘境，不断搬迁，老师流失，孩子康复效果不理想等。